В серпні 1848 р. бібліотека університету зберігала 899 інкунабулів, з яких після пожежі 2 листопада залишилося 205. До Другої світової війни бібліотека володіла 341 інкунабулою, які майже всі були вивезені німцями у 1943 р. На 01.01.1999 р. колекція інкунабулів нараховує 49 назв. Найстарiша iнкунабула зiбрання НБ ЛНУ - "Nicolaus de Lyra. Postilla in universa Biblia cum expositionibus Guillemi Britonis et additionibus Pauli Burgensis..." Ps. 2:2. - Strassburg: Johann Mentelin, 1472.

Зібрання інкунабулів бібліотеки описано у каталогах Є.Барвінського (1912 р.), К.Пекарського (1927 р.), А.Енджейовської і Р.Котулі (1939 р.), Ф.Максименка (1958 р.)